醫(yī)藥廠房初步設(shè)計是以大量的圖、表和必要的文字說明完成的，一般應(yīng)包括以下內(nèi)容。
一、總論概述工程項目的設(shè)計依據(jù)、醫(yī)藥廠房設(shè)計規(guī)模、醫(yī)藥廠房設(shè)計原則、建設(shè)地點、產(chǎn)品方案、生產(chǎn)方法、醫(yī)藥廠房車間組成、原材料來源、產(chǎn)品銷售、主要技術(shù)經(jīng)濟指標(biāo)、存在的問題及解決的辦法等。
二、總平面布置及運輸確定總平面布置原則，并以此原則對醫(yī)藥廠房區(qū)域進行劃分，繪制全廠的總平面布置圖。在運輸方面，主要是確定醫(yī)藥廠房內(nèi)外的運輸方案以及存在的問題和解決辦法。
三、制藥工藝設(shè)計根據(jù)全廠的總生產(chǎn)流程和總平面布置圖，按車間（如原料藥車間、制劑車間、機修車間等）或產(chǎn)品品種分別進行車間、產(chǎn)品品種的工藝設(shè)計，其中主要包括工藝流程設(shè)計、物料衡算、能量衡算、定型設(shè)備的選型、非標(biāo)設(shè)備的設(shè)計、設(shè)備的布置、管道的計算與布置等。
四、土建工程設(shè)計根據(jù)醫(yī)藥廠房廠址位置的地形、地質(zhì)等條件以及施工建材等客觀因素，確定滿足生產(chǎn)工藝要求的車間、輔助車間的建筑物的結(jié)構(gòu)以及防震抗震設(shè)計和其他特殊工程設(shè)計等，并對存在的問題提出建議。
五、給排水及污水處理工程設(shè)計確定生產(chǎn)、生活、環(huán)保、消防用水的水量、水質(zhì)和水壓要求，說明水源、取水方案、輸水方式和水質(zhì)處理方法，確定全廠的排水量、污水性質(zhì)及污水處理方案，確定循環(huán)用水方案以及給排水設(shè)備的設(shè)計與選型等。
六、采暖通風(fēng)及空調(diào)系統(tǒng)工程設(shè)計確定采暖通風(fēng)及空調(diào)系統(tǒng)的設(shè)計參數(shù)、設(shè)計指標(biāo)和設(shè)備選型。制藥車間內(nèi)的通風(fēng)應(yīng)符合國家安全和衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)的規(guī)定。有潔凈度要求的車間、工段或工序，其凈化空調(diào)系統(tǒng)應(yīng)保證相應(yīng)的溫度、濕度和潔凈度要求。
七、動力工程設(shè)計確定供冷、供熱、供汽和供氣系統(tǒng)的設(shè)計參數(shù)、設(shè)計指標(biāo)和設(shè)備選型。
八、電氣與照明工程設(shè)計包括輸變電、照明等系統(tǒng)的設(shè)計。電氣設(shè)計應(yīng)根據(jù)制藥車間的防火防爆等級選用相應(yīng)的防爆產(chǎn)品。潔凈車間的電氣和照明設(shè)計還應(yīng)符合醫(yī)藥潔凈廠房的要求。
九、儀表及自動控制工程設(shè)計確定儀表的選型和自動控制方案，有條件的應(yīng)采用計算機數(shù)字化控制方案，以實現(xiàn)操作過程的自動化、程序化、數(shù)字化和智能化。
十、安全衛(wèi)生和環(huán)境保護工程設(shè)計設(shè)計過程中，凡涉及藥廠安全的，尤其是防火防爆問題，必須嚴(yán)格按照有關(guān)的規(guī)范和法規(guī)進行處理。勞動者的健康和安全、各種消防設(shè)施、安全通道和防火墻等，都是醫(yī)藥廠房設(shè)計者必須考慮的重要問題。
新建、改建或擴建制藥工程項目都必須遵守國家的環(huán)境保護法規(guī)，切實執(zhí)行環(huán)境評價報告制度和“三同時（環(huán)保設(shè)施與主體工程同時設(shè)計、同時施工、同時投產(chǎn)）”制度，對噪聲的防治及污染物的處理和綜合利用要有明確的設(shè)計方案。
十一、工程概算完成工程項目的總概算及各工序的單項概算，并編制總概算說明書。
十二、有關(guān)附件包括各種表格（如設(shè)備一覽表、材料估算表等和圖紙（如全廠總平面布置圖、物料流程圖、初步設(shè)計階段帶控制點的工藝流程圖、主要設(shè)備裝配圖、車間設(shè)備的平面布置圖和立面布置圖等）。