凈化空調(diào)系統(tǒng)的空調(diào)箱內(nèi)壁材料應不易產(chǎn)生灰塵并耐腐蝕，生物凈化空調(diào)系統(tǒng)所用的空調(diào)箱內(nèi)壁要可以消毒。
凈化空調(diào)系統(tǒng)空調(diào)箱功能段數(shù)要多于普通空調(diào)系統(tǒng)，而且維護保養(yǎng)的要求也比較高，例如初、中效過濾器要經(jīng)常更換，空調(diào)箱內(nèi)壁要清潔、消毒，所以空調(diào)箱的長度也比普通空調(diào)系統(tǒng)的空調(diào)箱長。為了節(jié)省空調(diào)機房的面積，在滿足使用功能的前提下，應盡可能使結(jié)構(gòu)緊湊。
凈化空調(diào)系統(tǒng)中化學過濾器應根據(jù)生產(chǎn)過程中所產(chǎn)生廢氣的性質(zhì)和廢氣的量來確定化學過濾的種類，防止?jié)崈艨諝庋h(huán)次數(shù)多而使廢氣的濃度越來越高。潔凈空調(diào)箱在新風入口段是否要設(shè)置化學過濾器，要根據(jù)工程所在地的大氣環(huán)境來決定。如電子廠房設(shè)置在海邊，海水蒸發(fā)會使空氣中的氯、鈉離子數(shù)量增加。若不作處理，離子進入潔凈室會對產(chǎn)品造成影響，就應該在新風入口處設(shè)置化學過濾器。
凈化空調(diào)系統(tǒng)選用空調(diào)箱風機時要考慮到凈化空調(diào)系統(tǒng)的風阻力比一般空調(diào)系統(tǒng)要大，因為有初、中、高效三級過濾而且阻力變化也很大。初、中、高效三級過濾器從初阻力一直到終阻力的阻力疊加數(shù)值占整個凈化空調(diào)系統(tǒng)總阻力的比例很大，因此空調(diào)箱應該選用變頻風機，這里選用變頻風機不是為了改變潔凈系統(tǒng)的送風量，而是為了適應初、中、高效過濾器的阻力變化。全新風凈化空調(diào)系統(tǒng)中，若因工藝發(fā)生變化造成排風量的變化，為了保持室內(nèi)的正壓值不變，可以通過送風機的變頻來相應改變送風量。
空調(diào)箱表冷器進出水水溫的確定取決于凈化空調(diào)系統(tǒng)的送風狀態(tài)的溫濕度參數(shù)。由于生產(chǎn)工藝對室內(nèi)溫濕度的要求不同，再加上凈化空調(diào)系統(tǒng)的送風量往往不是由負荷大小來決定而是根據(jù)潔凈度級別來決定的，送風量大送風溫差就小，潔凈室內(nèi)的溫度基數(shù)低送風溫度就低。根據(jù)一般經(jīng)驗，表冷器的進水溫度要比送風狀態(tài)溫度低3～6℃，表冷器的出水溫度要比送風狀態(tài)溫度低0.5～1℃，這完全取決于潔凈室內(nèi)的設(shè)計溫度基數(shù)和冷媒水進表冷器的溫度（一般就是6～7℃）以及表冷器性能的各個參數(shù)，如接觸系數(shù)、表冷器的排數(shù)、析濕系數(shù)、傳熱系數(shù)、水流速、換熱效率系數(shù)等。