由于醫(yī)藥潔凈廠房在建筑設計上要考慮密閉和安裝凈化空調系統(tǒng)的要求，因此，與一般的工業(yè)廠房相比，醫(yī)藥潔凈廠房在布置和構造上有許多自身的特點。醫(yī)藥潔凈廠房通常是無窗的，有外窗的也多為不可開啟的雙層密封窗。無窗廠房發(fā)生火災時不易被外界發(fā)現(xiàn)，故其消防問題尤為突出。醫(yī)藥潔凈廠房的出入口較少，這給火災時的人員疏散和消防人員進出帶來了困難。火災發(fā)生后，保溫及裝修材料會產生大量的毒氣和濃煙，加之醫(yī)藥潔凈廠房的封閉式結構，對人員疏散和滅火搶救十分不利。此外，醫(yī)藥潔凈廠房中的空調風管密布，潔凈室之間通過風管相通，若火災發(fā)生時仍繼續(xù)回風，則風管將成為火及煙的主要擴散通道。
由于醫(yī)藥潔凈廠房存在許多不利于防火防爆的因素，一旦發(fā)生火災，往往會造成嚴重損失。因此，有潔凈度要求的廠房更應重視防火防爆問題。
首先，醫(yī)藥潔凈廠房的耐火等級不能低于二級，廠房的層數(shù)和占地面積必須符合相關規(guī)定。其次，無窗的醫(yī)藥潔凈廠房應在適當位置設置門或窗，以備車間工作人員疏散和消防人員進出醫(yī)藥潔凈廠房的每一層、每一防火分區(qū)或每一潔凈區(qū)的安全出口均不能少于兩個，且安全出口至最遠工作點的距離必須符合相關規(guī)定。第三，醫(yī)藥潔凈廠房內的建筑材料應選用非燃燒或難燃燒材料，以提高整個醫(yī)藥潔凈廠房的防火性能。例如，各種技術豎井的井壁應選用耐火極限不低于1h的非燃燒體；吊頂材料應選用耐火極限不低于0.25h的非燃燒體或難燃燒體；隔墻材料應選用耐火極限大于0.5h的非燃燒。第四，凈化空調系統(tǒng)及其附屬設施應符合建筑防火的要求。例如，空氣過濾器應適應建筑防火的要求，其安裝骨架應采用非燃燒體；各種風管的保溫材料、消聲材料和密封材料應采用非燃燒或難燃燒材料。第五，應防止風管或孔道成為火及煙的擴散通道。例如，穿過樓板或防火墻的風管，其內應設置溫感或煙感的防火閥；穿過樓板或隔墻的管道，其周圍空隙應做嚴格的防火密封處理。