三廢處理是制藥廠廠房設(shè)計的重要問題，廢棄物的輸送及排放裝置宜設(shè)置計量、采樣及分析設(shè)施，廢棄物在處理或綜合利用過程中，如有二次污染物產(chǎn)生，還應(yīng)采取防止二次污染的措施。因此，凡在生產(chǎn)過程中產(chǎn)生有毒有害氣體、粉塵、酸霧、惡臭、氣溶膠等物質(zhì)，宜設(shè)計成密閉的生產(chǎn)工藝和設(shè)備，盡可能避免敞開式操作。如需向外排放，還應(yīng)設(shè)置除塵、吸收等凈化設(shè)施。各種鍋爐、爐窯、冶煉等裝置排放的煙氣，必須設(shè)有除塵、凈化設(shè)施。含有易揮發(fā)物質(zhì)的液體原料、成品、中間產(chǎn)品等貯存設(shè)施，應(yīng)有防止揮發(fā)物質(zhì)逸出的措施。
化學(xué)制藥廠排出的廢氣可分為3類:即含塵廢氣、含無機(jī)污染物廢氣和含有機(jī)污染物廢氣。含塵廢氣的處理實際上是一個氣、固兩相混合物的分離問題，可利用粉塵密度較大的特點，通過外力作用將其分離，含無機(jī)污染物或含有機(jī)污染物的廢氣則要根據(jù)所含污染物的物理性質(zhì)和化學(xué)性質(zhì)，通過冷凝、吸收、吸附、燃燒、催化等方法進(jìn)行無害化處理。
生產(chǎn)裝置排出的廢水應(yīng)合理回收重復(fù)利用，就工業(yè)廢水和生活污水（含醫(yī)院污水）的處理設(shè)計，應(yīng)根據(jù)廢水的水質(zhì)、水量及其變化幅度、處理后的水質(zhì)要求及地區(qū)特點等，確定最佳處理方法和流程；并按清污分流的原則根據(jù)廢水的水質(zhì)、水量、處理方法等因素，設(shè)計廢水輸送系統(tǒng)。擬定廢水處理工藝時，應(yīng)優(yōu)先考慮利用廢水、廢氣、廢渣（液）等進(jìn)行“以廢治廢”的綜合治理。廢水中所含的各種物質(zhì)，如固體物質(zhì)、重金屬及其化合物、易揮發(fā)性物體、酸或堿類、油類以及余能等，凡有利用價值的應(yīng)考慮回收或綜合利用。另外，對于輸送有毒有害或含有腐蝕性物質(zhì)的廢水的溝渠、底下管線檢查井等的設(shè)計，必須考慮防滲漏和防腐蝕措施。
廢渣（液）的處理設(shè)計應(yīng)根據(jù)廢渣液的數(shù)量、性質(zhì)、并結(jié)合地區(qū)特點等，進(jìn)行綜合比較，確定其處理方法。對有利用價值的，應(yīng)考慮采取回收或綜合利用措施；對沒有利用價值的，可采取無害化堆置或焚燒等處理措施。為了防止生產(chǎn)裝置及輔助設(shè)施、作業(yè)場所、污水處理設(shè)施等排出的各種廢渣（液）以任何方式排入自然水體或任意拋棄，在對制藥廠的工藝進(jìn)行設(shè)計時必須設(shè)計收集與輸送系統(tǒng)方式。諸如，輸送含水量大的廢渣和高濃度時，應(yīng)采取措施避免沿途滴灑；有毒有害廢渣、易揚塵廢渣的裝卸和運輸，應(yīng)采取密閉和增濕等措施，防止發(fā)生污染和中毒事故。