制藥工程是應(yīng)用生化反應(yīng)或化學(xué)合成、各種分離單元操作以及藥物制劑技術(shù)，實(shí)現(xiàn)藥物工業(yè)化生產(chǎn)的工程技術(shù)，包括:生物制藥、化學(xué)制藥、中藥制藥。制藥工程設(shè)計(jì)包括:化學(xué)原料藥、生物藥、中成藥、藥物制劑、藥用包裝材料等項(xiàng)目的工藝設(shè)計(jì)，其工藝設(shè)計(jì)類型包括:合成制藥工藝、生物制藥工藝、中成藥工藝、制劑工藝設(shè)計(jì)。
制藥工程設(shè)計(jì)的具體工作是設(shè)計(jì)一個(gè)新的制藥廠，包括生產(chǎn)與輔助設(shè)施，或?qū)σ延械墓S進(jìn)行擴(kuò)建、改建。工程設(shè)計(jì)一般包括總體設(shè)計(jì)和局部設(shè)計(jì)。凡是設(shè)計(jì)范圍涉及整個(gè)工廠的稱總體設(shè)計(jì)。如某抗生素廠的總體設(shè)計(jì)有總平面、工藝、公用工程、土建等設(shè)計(jì)以及有關(guān)可行性研究、廠址選擇、經(jīng)濟(jì)概算等。凡是設(shè)計(jì)的范圍不涉及整個(gè)工廠的全部?jī)?nèi)容，而只涉及其中的一部分的，稱局部設(shè)計(jì)。
車間工藝設(shè)計(jì)是制藥廠工程設(shè)計(jì)的主導(dǎo)設(shè)計(jì)，藥廠的基本建設(shè)項(xiàng)目和技術(shù)改造項(xiàng)目都涉及車間工藝設(shè)計(jì)問題，是一項(xiàng)綜合性很強(qiáng)的工作，是由工藝設(shè)計(jì)和非工藝設(shè)計(jì)（包括土建、設(shè)備、安裝、采暖通風(fēng)、電氣、給排水、動(dòng)力、自控、概預(yù)算、經(jīng)濟(jì)分析等）所組成。其中工藝設(shè)計(jì)是主導(dǎo)設(shè)計(jì)，它起著貫穿全過程并且組織協(xié)調(diào)各專業(yè)設(shè)計(jì)的作用，但僅有工藝設(shè)計(jì)是不可能完成制藥廠全部工程設(shè)計(jì)工作的。
生物制藥生產(chǎn)車間工藝設(shè)計(jì)不僅要具備一般藥廠設(shè)計(jì)知識(shí)，如生產(chǎn)工藝流程設(shè)計(jì)、工藝設(shè)備布置設(shè)計(jì)、管道設(shè)計(jì)理論、制藥過程與原理、藥物制劑生產(chǎn)工藝、藥品生產(chǎn)質(zhì)量管理規(guī)范、化學(xué)工程、藥物分離與純化技術(shù)等，還要具有生物制藥工藝設(shè)計(jì)的專門知識(shí)，如發(fā)酵工程、生化工程、基因工程、酶工程、細(xì)胞工程、蛋白質(zhì)工程、抗體工程和生物催化反應(yīng)器等，努力做到設(shè)計(jì)上規(guī)范、技術(shù)上先進(jìn)、經(jīng)濟(jì)上合理。
作為醫(yī)藥企業(yè)從事工藝生產(chǎn)的技術(shù)人員需要了解設(shè)計(jì)程序和標(biāo)準(zhǔn)規(guī)范，并具有豐富的社會(huì)實(shí)踐和專業(yè)知識(shí)，才能提供必要的設(shè)計(jì)條件和設(shè)計(jì)基礎(chǔ)資料，協(xié)同設(shè)計(jì)單位完成符合標(biāo)準(zhǔn)規(guī)范要求并滿足藥品生產(chǎn)要求的設(shè)計(jì)工作。